지식 요소의 가공과 분석, 그리고 여러가지 도구의 활용에 관한 내용

지난 5년간 개인적인 디지털 연구노트 시스템의 변화 기록: Devonthink에서 OneNote로, 다시 텍스트 기반의 org file로 되돌아가기

이 글은 대략 2023년도부터 지금까지 제가 사용하던 low-level 디지털 연구노트 및 관리시스템의 변화를 요약해서 나타낸 글입니다. 

변화의 원인은 주로 외부적인 요소와 관련되었습니다. 예를 든다면 E-ink 태블릿을 사면서 초기 연구기록을 만들고, 이후 관리하는 체계가 바뀌었다든가, 연구소를 옮기면서 업무환경이 바뀌었다든가, 혹은 LLM의 발전등으로 인하여 텍스트 기반의 자료활용이 유용해졌다 등의 이유입니다. 그 순간의 변화와 나름 의미 있는 기록들도 따로 쌓여 있으므로, 나중에 필요하면 정리해서 올리도록 하겠습니다.

  1. 블로그에 남아 있던 펜/종이 및 Devonthink를 이용하던 시절

지난 글들에서 기술했듯이 원래 펜과 종이로 주로 연구를 진행하고, 맥북에서는 (계산등을 제외하고는) 문헌관리 및 중간 노트들을 취합하고, 이후에 본격적인 논문 집필에 들어가는 사용하는 방법이었습니다. Devonthink의 글들을 보시는 분들이 제법 되는 것 같은데, 그게 벌써 오래전의 일이 되다 보니 어느정도 업데이트를 하고 종결시키는게 맞다는 생각이 들어서 정리글을 적는것도 있습니다. 다만 관리 철학 자체는 그 이전부터 만들어져서 지속적으로 개량되어 사용되었습니다. 그것은 지금도 마찬가지입니다. 그래서 해당 글에서 보이는 철학적인 요소는 크게 바뀐점이 없다고 이야기하고 싶습니다.

  1. E-ink 태블릿과 맥북을 활용한 OneNote를 이용하던 시절

2023년도쯤 E-ink 태블릿을 구입하면서(Onyx Boox Note Air 2 모델입니다), 펜과 종이가 태블릿으로 바뀌면서 기본 자료가 쌓이는 공간도 바뀌게 됩니다. 처음 몇 년은 주로 OneNote 위주로 작업했기에, 초기 자료에서 정리 자료로 넘어가는 단계가 굳이 필요하지 않게 된 점이 매우 큰 장점이었습니다. 그래서 OneNote의 경우에는 플래너 템플릿을 구매해서, 한 노트북에는 거기에 기본적인 플래너 기능과 각종 메모들, 또한 다른 노트북에서는 프로젝트별로 구성된 연구노트들을 구성하곤 했습니다. 그리고 솔직히 말씀드리자면, 펜과 종이로 사용할 때보다 월등히 관리가 편해지고 재사용성이 높아진다는 장점이 있습니다.

이러한 변화를 겪으면서 중간자적으로 사용하던 Devonthink에 큰 변화가 있었습니다. 무엇보다도, rich text를 기반으로 link를 이용한 cross-reference를 하고 있던 노트들이 OneNote로 통합돼서 사용할 수 있게 된 것입니다. 실제로 이 시점의 OneNote 사용량은 대단히 많아서, 사실상 1년 내내 연구, 개인적인 부분 할 것 없이 모두 여기에 기록을 쌓게 됩니다. 연구용 노트들은 프로젝트별로 관리를 하게 되고요, 플래너는 시간별로 따로 관리하지요. 그리고 각 노트북마다 index를 따로 두어서 주요한 페이지에 손쉽게 들어갈 수 있는 형태로 구성됩니다. 생각보다 효과적이고 편리하더라고요. 동시에 맥북에서도 OneNote 앱을 쓸 수 있으므로, 중간자적 디지털 노트를 굳이 Devonthink에 쌓을 필요 자체가 사라졌습니다. 즉 손으로 쓴 노트와 간단한 디지털 메모를 같은 공간에 할 수 있는 저 개인에게 매우 편리한 시스템이었습니다. 

그런데 2025년도쯤 되어서 E-Ink 태블릿에서 안드로이드 시스템을 통한 OneNote의 사용성이 급격히 떨어지는 문제들이 발생했습니다. 펌웨어 업데이트할 때마다 좋아졌다 나빠졌다 했고요, 앱 역시 간헐적으로 사용성이 너무 떨어져서, 결정적인 순간에 반응을 하지 않는 경우가 있었습니다. 하루종일 무언가 쓰는게 직업인 사람에게, 평균 사용성은 여전히 좋다고 하더라도, 이러한 경향이 지속되면 연구용으로 지속적으로 사용하기가 힘듭니다. 

  1. E-ink tablet (Onyx Boox Note 2)의 손글씨 기반의 PDF 파일 + 오래전에 사용하던 Emacs org-mode 기반으로 한 텍스트 구성

2025년도에 들어서 결국 E-ink 태블릿을 기반으로 한 손으로 구성하던 연구노트는 Onyx의 네이티브 앱으로 되돌아오게 됩니다. 기본 노트앱의 사용성은 매우 좋고요, 본질적으로는 PDF 파일로 Dropbox로 공유하도록 설정되어 있지만, OneNote에 비해서 실시간 공유 등은 무리였습니다. 즉, 태블릿 -> 맥북으로 받아오는 일방향 노트이지만, 일단 기록을 지속적으로 확인할 수 있다는 것만으로도 장점이지요. 덧붙여서, 이 때 있던 연구프로젝트의 주요한 기반 설계는 끝나서, 시뮬레이션이나 실험이나 손으로 본격적으로 적으면서 계산하거나 하던 부분들은 많이 줄어들었고, 거의 맥북/맥스튜디오를 오고가면서 터미널 작업만 하던 시점이기도 합니다. 다시 말해서, 손글씨의 재사용성이 그렇게 중요한 시점은 지났던 것이지요. 

중간자적으로 사용하던 디지털 시스템은 서서히 OneNote에서 벗어나서 이런저런 시도를 하다가 오래 전에 사용하던 Emacs의 org-mode로 되돌아가게 됩니다. 아마 org 파일에 대해서 뭔가 싶으실 텐데, 본질적으로는 단순한 텍스트 파일로서 일종의 마크다운 (md)파일과 본질적으로 같습니다. 즉 대부분의 텍스트 에디터에서 바로 읽어 들여서 수정할 수 있는 장점이 있고요. Emacs org-mode에서는 여기서 각종 기능이 첨부되어 있어서 agenda라든가 export-html 기능이라든가, TODO 설정, 태그 설정 등이 결합된 일종의 플랫폼으로 작용하는 겉보기보다는 복잡할 수 있는 환경입니다. 여기에 대해서는 한 번 따로 글타래를 열어 볼까 싶네요.

  1. 마크다운 (md)처럼 텍스트기반의 org로 되돌아 간 것은 사실 AI 사용과도 관련이 있습니다.

AI를 2024년도부터 본격적으로 사용하고 있었고요, 이런저런 형태로 많은 도움을 받은 것도 사실이지만, 그 한계점 역시도 자주 맞닥뜨렸습니다. 한계점의 고점이 2년 사이에 급격히 높아진 것도 사실이지만, 지식노동자 입장에서 보면, 그 고점이 높아지는 방향성이 전방위적이지 않다는 것을 자주 깨닫게 됩니다. 

그런데 양적 부분에 대해서 저의 시간을 줄여주는 좋은 방법들입니다. 예전에는 어떤 아이디어들이 있어서, 계산을 해보기위해서 시도한다면, 생각보다 오랜 시간이 걸리므로 스스로 해볼만한 종류만을 제한적으로 탐색했다면, AI의 발전은 (검증은 다른 문제입니다만) 시도 자체는 전방위적으로 손쉽게 할 수 있게 도와줍니다. 

원하는 일이 복잡해질수록 md파일을 기반으로 한 여러가지 기법들이 발달하는데, 이쪽 계통을 직접 연구하는 사람이 아닌 입장에서는, 오히려 보조적인 측면에서 이러한 기법을 도입해보고 싶었습니다. 이런 측면에서 시도해 본 일들이 org 파일을 기반으로 (결국 텍스트 파일입니다) 연구 프로젝트의 자료 관리를 해 본 부분입니다. 특히 연구소 정책상 AI는 데이터 보호계정인 MS Copilot만 허용되고, 또 Copilot을 내부 데이터망에 사용할수없는 문제가 있었습니다. 그래서 맥스튜디오로 Ollama interface를 이용하여 local LLM model을 돌리고, 이것과 org text를 활용한 일종의 프로젝트 관리 work flow를 이리저리 테스트 해본적이 있습니다.

사실 크게 성공적이라 하긴 힘들지만, 또 그렇다고 지금 (연구실을 나오고 난 다음에는 더이상 해당 제약을 받지 않지요) OpenAI의  Codex를 활용한 워크플로우에 영향을 주게 됨으로써 완전한 실패라고 하기는 또 그랬지요. 여기에 대해서는 지금 적극적으로 개발·사용하고 있으므로, 따로 글타래들을 열어서 정리해 보도록 하겠습니다. 


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