찾을 수 없다면 없는것. 기억할 수 없다면 모르는 것. – 지식 조각의 관리에 대하여
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History:1. 30 JAN 2019: 글 등록.2. 29 JAN 2022: 포맷 수정.3. 02 SEP 2024: 업데이트 개인 위키를 만들고자 한 생각은 한 5년정도 되었던 것 같습니다. 공개 위키가 아닌 나 혼자만 보는 위키 스타일의 노트는 시간이 날 때마다 조금씩 만들곤 했었던…
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Jupyter nbconverter로 pdf로 변환할때 문제해결 (jupyter_contrib_nbextensions 패키지 삭제로 해결)
상당히 오래 전 부터, Jupyter Notebook에서 pdf로의 변환 기능이 제대로 작동하지 않았습니다. 그 동안은, 어디서 패키지가 꼬여있었겠지 싶어서 그냥 두고 있었는데, 최근 작업하고 있던 파일을 pdf로 전환해야 할 일이 있다보니 ChatGPT와 함께 문제를 해결하였습니다. 몇 가지 패키지 재 설치 및,…
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Matplotlib-Python에서 Fabio Crameri의 Scientific colour maps 사용하기
연구실의 동료가 소개해준 색상에 대한 선택인데, 몇 번 사용해보고는 의외로 그 품질이 마음에 들어서 여전히 사용하고 있습니다. 다음 공식 홈페이지 (https://www.fabiocrameri.ch/colourmaps/ )에 언급되어 있듯이 해당 색상 지도는 다음과 같은 두가지를 주안점으로 만들어졌습니다. 자세한 사항과, 각종 설명 및 시청각 자료는 저자의…
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AI를 활용한 이야기용 세상 만들기
먼저 해당 프로젝트는 취미로 시작한 AI와 함께하는 우주만들기 및 이야기 생성 (https://story.edamyrepo.com)과 관련있습니다. 최근 ChatGPT를 활용해서 여러가지 분석용 도구 (코드들) 생성에 도움을 받고 있다보니, 자연스럽게 취미생활로 생각이 확장되기 시작했습니다. 작년부터 이를 활용했는데, 실제로 생성된 코드들이 원하는 목표를 달성하기를 기대하기는 힘들어도,…
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워드프레스 호스팅용 AWS Lightsail 비용 및 마이그레이션 이후 실수로 인한 IP 요금 등의 이중부과
취미생활로 운영하는 도메인이다보니, 한달 운영요금을 10$ 정도로 유지하려고 하고 있습니다. 지난번에 여러가지 서버 업데이트 이후에 요금이 13.5$가 첨부되길래 자세한 사항을 확인해보니 저의 실수에서 유발된 부분인 것 같았습니다. 나중을 위해 해당 경우를 기록으로 남겨둡니다. 기본적으로 AWS Lightsail에서 WordPress multipage를 이용한 블로그…
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Mac에서 LAMMPS GPU설정 및 벤치마크
반년전쯤에 새로우 연구팀에 합류하면서 이론 및 시뮬레이션 연구를 설정하면서 이번에는 LAMMPS를 사용하기 시작했습니다. 입자계 시뮬레이션으로는 오래전에 주로 직접 만든 코드를 사용하곤 했었는데, 이제는 오픈소스가 대부분의 경우 더 많은 기능들을 지원하면서 성능도 뛰어나니 안 쓸 이유가 없습니다. 오랫동안 시뮬레이션 쪽에 손을…
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istat menus 7 – 고성능/고효율 코어구조에 대응 및 GPU모니터링 강화
istat menus 4부터 사용하던 소프트웨어 였는데, 어느덧 7 버전이 나왔다고 안내가 나오더라고요. 현재 사용하고 있던 6버전에 대해서 사소한 불만들이 생기던 참이다보니 7버전으로 업그레이드를 진행했습니다. 또한 최근에는 iTerm2에서도 기본적인 성능 패널을 보여주기 때문에 적절한 업데이트가 진행되지 않았다면 저에게는 istat menus가 설…
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시각화 갤러리
Python의 Matplotlib를 활용해서 각종 데이터를 시각화 한지도 10여년정도 된 것 같습니다. 그럼에도 불구하고, 늘 쓰던 명령어를 제외하고는 기억이 나지 않아서 예전 스크립트를 찾거나 구글에서 찾아서 사용하고 있습니다. 한 번 쯤 체계적으로 그래프그릴때 사용하던 스크립트들을 업데이트 할 필요가 있다는 것을 생각하고…
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H5py를 활용한 HDF5 포맷으로 된 데이터 추출.
HDF5 파일포맷을 활용해본적은 없었습니다만, 최근 동료에게 주어진 실험 데이터가 해당 파일포맷을 활용해서 데이터 추출 작업을 할 필요가 생겼습니다. 그래서 동료는 Windows에서 대량의 파일들을 읽어들여 본인이 원하는 포맷으로 데이터를 저장하길 원했습니다. HDF5 포맷 자체는 여러 용도로 사용하고, 키, 그룹 등을 포함한…
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파일명의 특정 문자열 이후의 숫자를 추출해서 사용하기 (sed)
간만에 파일명중에 특정 문자열 이후의 숫자를 추출할 이유가 생겨서 작업하다가 기록을 위해 남겨둡니다. 예전에는 awk를 사용해서 어찌어찌 했던것 같은데 스크립트도 못찾겠고 기억고 안나고 해서 sed를 조합해서 사용했습니다. 파일명이 xxx_Rseed3112_xxx.data 와 같이 존재하고 Rseed이후의 번호를 추출해서 가공할 필요가 있어서 사용하는 스크립트입니다.
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Devonthink를 활용한 연구 및 아이디어 노트들의 작성과 관리
여기서는 Devonthink(이하 데본)를 활용하여 여러 노트의 작성과 관리를 이야기했습니다만, 방법론적으로는 소프트웨어에서 비교적 독립적인 형태를 가지는것을 목표로 합니다. 여기 기록한 내용들은, 실제로는 예전에 사용하던 MacJournal이나, 혹은 Emacs에서의 org-mode등에서도 비슷한 전략으로 사용하곤 했었습니다. 필자는 데본와 같은 일종의 데이터베이스 기능을 겸한 소프트웨어들은 연구의…
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