Category: Python
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H5py를 활용한 HDF5 포맷으로 된 데이터 추출.
HDF5 파일포맷을 활용해본적은 없었습니다만, 최근 동료에게 주어진 실험 데이터가 해당 파일포맷을 활용해서 데이터 추출 작업을 할 필요가 생겼습니다. 그래서 동료는 Windows에서 대량의 파일들을 읽어들여 본인이 원하는 포맷으로 데이터를 저장하길 원했습니다. HDF5 포맷 자체는 여러 용도로 사용하고, 키, 그룹 등을 포함한 다양한 구조를 제공합니다만, 저의 경우에는 일단 데이터를 뽑아내서 활용하는게 목적입니다. 먼저 Silx로 확인해보니 구조가 다음과…
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생산성 증대를 위한 Mac의 작은 팁: 맥의 검색 시스템들을 사용하기 (Finder + Spotlight / Help Menu)
늘 사용하고 있으면서도, 막상 이렇게 요약하려면 잘 생각안나는 생활속의 팁들이 있습니다. 가끔 어떤 기능들이 필요해서 열심히 구글을 검색해서, 내가 필요한 워크플로으로 승화시키는 경우가 있는데, 막상 만들어두고 난 다음에는 잊어버리는 것들이 많이 있지요. 다음에 필요하면, 그 전에 만들어뒀던 기능들을 그대로 가져와 쓰는 경우도 많이 있습니다. 시스템을 불문하고, 이러한 개인화 작업은 생산성 향상의 핵심적인 요소라고 생각합니다. 하다못해,…
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인텔맥 Big Sur에서 연구용 Python / Jupyter 환경설정 및 기본 활용 예시
먼저 굳이 인텔맥 Big Sur일 필요는 없다는 점을 밝혀둡니다. 다만, 저는 설정을 할 당시 그 시점의 환경을 기입해두곤 합니다. 이는 제가 모든 환경을 테스트 해 볼수도 없는 노릇이고, 그냥 쓰던 환경을 다시 쓸수있게 해놓고는 간단한 후기를 남기는 정도입니다. 최근 시스템 설정을 마치고 논문작업에 바쁜 나날을 보내다가 잠깐 여유를 부려 작성중입니다. 이는 지난 번 글(1, 2)에서…
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16인치 인텔맥 도착한 김에 쓰는 생각의 흐름대로 쓰는 맥 사용의 소회 1 (현재 사용환경)
맥을 사용하기 전에는 리눅스 / 윈도우 병행해서 사용하고 있었습니다. 리눅스는 초반에는 주로 우분투 LTS쪽을 활용하다가, 나중에는 오픈수세쪽으로 넘어갔었네요. 다만, 그 당시에는 리눅스에서 상용소프트웨어에 대한 아쉬움이 남아있다보니, 비슷한 환경 + 더 많은 사용소프트웨어가 제공되는 맥으로 넘어가자 하고 개인용 맥을 구입하는게 시작이었는 듯 합니다. 시간이 지난 지금에야 결국 리눅스에 남아있었어도 크게 다를것이 없었을 것이라는 것을 생각하게 되네요.…
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Multi-symbol legend in matplotlib (Python)
Recently, I met a problem showing multi-dimensional information in a single black-and-white figure. This figure includes (i) simulation data and model predictions for (ii) two different peaks behind the different transport mechanism (iii) for each given parameter a=a_0, a_1, a_2, a_3. On top of that, the figure should be black-and-white. Underline these aspects, I found…
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Personal figure template using Matplotlib (Python)
I have been using Matplotlib for a long time to produce figures for scientific papers. As a person who is working on the theory and modeling, generating figures using a scripting language minimize the effort to spend analysis and produce results. The great flexibility of the use of a script language is a major benefit…